A government agency cannot be a victim of discrimination, at least not in any way that matters. It is not a person, and does not have rights.
A government agency refusing to follow its orders is in no way parallel or analogous to a private company refusing to serve a particular customer. In the first case it's an illegal act, where the result will be the firing/jailing of the offenders (with the removal of their access that enables them to disobey), while in the second case it's just a normal, legal, expected outcome of business sometimes.
> the correct attitude is to fight for a Government change
Private entities refusing to do business with certain parts of the government is an aspect of fighting for government change. GitHub refusing to do business with ICE is a collective way for GH's employees and executives to lobby the government for change.
For instance in France regarding B2B sales:
"Constitue également une discrimination toute distinction opérée entre les personnes morales sur le fondement de l'origine, du sexe, de la situation de famille, de la grossesse, de l'apparence physique, de la particulière vulnérabilité résultant de la situation économique, apparente ou connue de son auteur, du patronyme, du lieu de résidence, de l'état de santé, de la perte d'autonomie, du handicap, des caractéristiques génétiques, des mœurs, de l'orientation sexuelle, de l'identité de genre, de l'âge, des opinions politiques, des activités syndicales, de la capacité à s'exprimer dans une langue autre que le français, de l'appartenance ou de la non-appartenance, vraie ou supposée, à une ethnie, une Nation, une prétendue race ou une religion déterminée des membres ou de certains membres de ces personnes morales."
This clearly states that you cannot refuse to sell a product or to a company on political grounds, just like you can't refuse to sell to a Jewish association because they are Jewish, or to a Italian company because you don't trust Italians.